وافاد الموقع الاعلامي لمكتب قائد الثورة الاسلامية آية الله العظمى السيد علي الخامنئي، ان بيان سماحته بالمناسبة جاء على الشكل التالي :

بسم الله الرحمن الرحيم
انني أقدم العزاء بوفاة العالم الجليل المرحوم آية الله سيد مهدي خلخالي رضوان الله عليه، لأسرة الفقيد الكريمة وجميع محبيه وتلامذته في طهران ومشهد المقدسة؛ لقد قدم هذا الفقيه الجليل والأستاذ الكبير خدمات دينية وعلمية قيمة للحوزات العلمية والوسط الديني في البلاد. وله مؤلف رصين في مجال الحكومة الإسلامية يعد من آثاره البارزة على غرار كتاباته الأخرى في مجال الفقه والأصول.
أسأل الباري تعالى أن يتغمده بالرحمة والغفران وأن يمن عليه برفيع الدرجات. 
السيد علي الخامنئي

وقد وافت المنية آية الله سيد مهدي خلخالي مساء السبت 21 كانون الأول/ديسمبر عن عمر ناهز الـ95 عاما في مدينة مشهد المقدسة.