سازمان انرژی اتمی ایران در واکنش به تجاوز رژیم صهیونیستی به خاک جمهوری اسلامی ایران، بیانیه‌ای منتشر کرد که در آن آمده: «این اقدام رژیم صهیونیستی مغایر با قوانین بین‌المللی از جمله مصوّبات شورای حکام، کنفرانس عمومی و شورای امنیّت سازمان ملل می‌باشد.»

متجاوزان، تلاش دارند در کنار آسیب‌رسانی به توانمندی‌های سخت‌افزاری ایران، ساختارهای نرم‌افزاری ملت را نیز آماج تخریب قرار دهند. رژیم صهیونیستی از سرمایه‌ی متراکم اجتماعی در ایران، به همان اندازه هراس دارد که از سرمایه‌های فناوری. به این اعتبار یکی از اصلی‌ترین اهدافش از تجاوز فراگیر به ایران، لطمه زدن به این سرمایه اجتماعی و به وحدت و همدلی ملی است.

جانشین رئیس کل ستاد نیروهای مسلح، در واکنش به تجاوز نظامی رژیم صهیونیستی به خاک ایران و شهادت شماری از فرماندهان نظامی و دانشمندان هسته‌ای، تأکید کرد: این جنایت، تبعات منطقه‌ای و جهانی در پی خواهد داشت و پاسخ ایران کوبنده، دردآور و پشیمان‌کننده خواهد بود.

در پی حمله تجاوزکارانه به سایت هسته‌ای نطنز، معاون امنیتی استانداری اصفهان با رد شایعات فضای مجازی تأکید کرد که هیچ‌گونه آلودگی هسته‌ای رخ نداده و این حادثه تلفات جانی نداشته است؛ مردم بدون نگرانی اخبار را از منابع رسمی دنبال کنند.

نمایندگی دائم ایران در سازمان ملل، طی نامه‌ای فوری به رئیس شورای امنیت، خواستار تشکیل نشست اضطراری و محکومیت شدید حملات هماهنگ رژیم صهیونیستی به مراکز هسته‌ای و غیرنظامی ایران شد. این نامه اسرائیل را ناقض صلح و منشور ملل متحد دانست.

فاطمه مهاجرانی، سخنگوی دولت، در واکنش به حمله سحرگاهی رژیم صهیونیستی تأکید کرد که ایران آغازگر جنگ نیست اما در برابر تجاوز هرگز سکوت نخواهد کرد. وی این حمله را نشانه‌ای از ترس دشمن دانست و گفت: پاسخ ایران قاطع، مشروع و در زمان مناسب خواهد بود.

محمدباقر قالیباف در پیامی هشدار داد که رژیم صهیونیستی به‌زودی پاسخ دردناکی دریافت خواهد کرد و ماجرایی که آغاز کرده‌اند را ایران به پایان خواهد رساند. وی تأکید کرد که انتقام خون شهدا به هر شکل ممکن گرفته می‌شود و ملت ایران آماده دفاع جانانه هستند.

در پی حمله تروریستی رژیم صهیونیستی به خاک ایران، سید حسن خمینی با صدور پیامی ضمن تسلیت به ملت ایران، وحدت ملی را تنها راه مقابله با تهدیدات دشمنان دانست و تأکید کرد که ایران با تکیه بر اتحاد و اقتدار، از این گردنه حساس نیز عبور خواهد کرد.

توئیت عبری صفحۀ رهبر انقلاب با انتشار بخشی از پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی خطاب به ملت بزرگ ایران در پی جنایت سحرگاه امروز رژیم صهیونیستی:رژیم باید منتظر مجازاتی سخت باشد. دست قدرتمند نیروی مسلح جمهوری اسلامی او را رها نخواهد کرد. رژیم صهیونی برای خود سرنوشت تلخ و دردناکی تدارک دید.